如此的大明清官，因政声日显，省宪考绩，列为六府之最。洪武八年春，被召入朝，太祖嘉其善治，命礼部赐宴款待。三月，还济宁府继续任职。五月，有官吏因当初失职被笞，上书诬陷方克勤盗用官库炭苇两百斤。他蒙冤获罪，发配浦江服劳役。翌年，适遇“空印案”，他又被牵连，受车裂酷刑，被冤杀于京师。临刑时，他自知无过，神色不改。其子方孝孺扶柩归乡，学者宋濂为作碑铭。
如果说，身为大明清官的方克勤虽然死不瞑目，但是他毕竟还能得到济宁民谣口耳相传、感恩戴德的些许慰藉;那么，身为中华历史上最后一任名至实归的丞相、曾经下令济宁明军停止驱使百姓筑城的胡惟庸，就百口莫辩、远没有那般的慰藉了。据朱元璋《昭示奸党录》记载，洪武十三年正月，丞相胡惟庸称，其旧宅井里涌出醴泉，此为祥瑞，并邀请朱元璋前来观赏。朱元璋欣然前往，走到西华门时，太监云奇紧拉住缰绳，急不能言，拼命指向胡家。朱元璋感觉异常，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道暗藏士兵。遂大怒，以“枉法诬贤、蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸等九族，包括开国第一功臣韩国公李善长等大批元勋宿将，皆受株连。洪武十九年，李善长为大兴土木，向信国公汤和借用卫卒三百名。汤和暗中向朱元璋报告。朱元璋颁敕李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望怀两端，大逆不道”之罪，其家族的妻妾子孙等七十余人被杀。宋濂的孙子宋慎亦受牵连被杀，宋濂本人贬死四川茅州。与胡惟庸一样，同为明初丞相、人称好好先生的汪广洋，也被朱元璋赐死，他生前曾留下了一首无比伤怀的《过高邮有感》：
去乡已隔十六载，访旧惟存四五人;
万事惊心浑是梦，一时触目总伤神。
行过燬宅寻遗址，泣向东风吊故亲;
惆怅甓湖烟水上，野花汀草为谁新?
……
此案，史称胡惟庸案，与蓝玉案合称“胡蓝之狱”，诛灭直到洪武二十五年方告结束;前后长达十三年之久，牵连致死者三万余人，被发配流放者无数。然而，明史记载中，关于胡惟庸案多有矛盾;仅看胡惟庸邀请皇帝来家中观赏祥瑞一事，就未免过于离奇了些。就连明初的众多史家，也指出并无太监拉缰绳阻止朱元璋进入胡家之事，包括云奇此人，也仅是正史的捏造。
早在洪武十一年三月，为限制相权;朱元璋就下令，凡奏事，不得先报中书省。此前，各地奏章皆为一式两份，皇帝与丞相各一份。紧接着，又令六部奏事不得上报中书省，从而中书省权力大减。然而即使如此，朱元璋还不满意。于是就有了胡惟庸案，裁撤中书省，废除丞相。稍后，朱元璋又宣布，以后嗣君不许议置丞相，大臣如敢奏请者，处以重刑，并立为祖训。从此，皇帝终于大权独揽。秦汉以来实行一千余年的宰相制度，自从明初朱元璋开始，彻底消亡。封建世袭的皇权统治，得到了史无前例的扩张。
胡惟庸案，是彻底的冤案。然而，明初的冤案又何止这一个呢?
洪武九年，空印案爆发。明朝时，每年地方官吏与户部核算钱粮诸事，倘若文册之中有任何一项不符，就须驳回重审，且须再盖上原地方官印，如此才算完结。然而，因路途遥远、往来繁复，势必彼此延误、多有不便。所以，地方官员都预备有事先盖过印信的空白文书，以备重新造册。这本是元代旧习，事先也并未被明朝禁止;朱元璋竟在一夜之间突然狂怒，凡主印吏及署字有名者，皆逮系御史狱。空印案中，方克勤被连坐、车裂惨死，令万民痛惜。史载，连坐被杀的人数以万计，丞相大夫皆知空印者无它罪，可恕，但无人敢谏。
洪武十八年，郭桓案爆发。此案本属贪污案，因户部侍郎郭桓等人，串通各地官吏盗卖官粮、涉案金额巨大而起。然而，明太祖大怒，竟将自六部左、右侍郎以下皆判死罪，赃七百万，诛连直、省诸官吏，系死者数万人。为了追赃，又牵连到全国各省的地主与农户，民间富人莫不因此破产对此民怨极深，演变成全国骚动。为了平息民怨，朱元璋又将审刑官吴庸等人处死谢罪;并称折算赃粮实有两千四百多万石，“恐民不信，但略写七百万耳”。
洪武二十六年，蓝玉案爆发。蓝玉因与太子朱标有亲戚关系，私交往来甚好，本是太子朱标的肱股之臣。然而，太子朱标刚一病死，朱元璋便为孙子朱允炆未雨绸缪;以谋反罪之名，将蓝玉剥皮实草、传示各地，灭其三族，并株连蔓引，自公侯伯以至文武官员，大肆杀戮功臣名将，致死者达一万五千余人。而在这其中，就有令朱元璋倍感痛惜的一代杰出诗人——孙蕡。
孙蕡，字仲衍，号西庵先生，广东南海平步人。生于元至元二年，自幼志气不凡，仪表堂堂，性格通达，乡人都敬称为孙先生。其人书无所不读，诗文挥笔而成;气象雄浑，大有魏晋风度，被誉为“岭南诗宗”、“岭南明诗之始”，形成“岭南诗派”，成为明初诗坛五大流派之一。洪武三年，举于乡，旋登进士。起为苏州经历，复坐累戍辽东。却没想到，仅仅因为曾给蓝玉作诗题画，而被株连判死。临刑前，监杀指挥问他有何遗言，他脱口而出一首《绝命诗》:
鼍鼓三声急，西山日又斜;
黄泉无客舍，今夜宿谁家。
事后，朱元璋得悉此诗，问监杀指挥：“孙蕡死时何语?”监杀指挥以此诗对答。朱元璋怒曰:“何不早奏?”竟又诛杀了监杀指挥。
为了大明皇权的千秋万代、江山永固，朱元璋将开国功臣名将屠杀殆尽;极尽酷刑，废除丞相，废除武举，堪称煞费苦心、机关算尽。然而，他做梦也想不到，胆敢犯上作乱、挑战皇权的，竟是他自己的几十个亲生儿子们。
