如此的大明清官，因政声日显，省宪考绩，列为六府之最。洪武八年春，被召入朝，太祖嘉其善治，命礼部赐宴款待。三月，还济宁府继续任职。五月，有官吏因当初失职被笞，上书诬陷方克勤盗用官库炭苇两百斤。他蒙冤获罪，发配浦江服劳役。翌年，适遇“空印案”，他又被牵连，受车裂酷刑，被冤杀于京师。临刑时，他自知无过，神色不改。其子方孝孺扶柩归乡，学者宋濂为作碑铭。
如果说，身为大明清官的方克勤虽然死不瞑目，但是他毕竟还能得到济宁民谣口耳相传、感恩戴德的些许慰藉;那么，身为中华历史上最后一任名至实归的丞相、曾经下令济宁明军停止驱使百姓筑城的胡惟庸，就百口莫辩、远没有那般的慰藉了。
据朱元璋《昭示奸党录》记载，洪武十三年正月，丞相胡惟庸称，其旧宅井里涌出醴泉，此为祥瑞，并邀请朱元璋前来观赏。朱元璋欣然前往，走到西华门时，太监云奇紧拉住缰绳，急不能言，拼命指向胡家。朱元璋感觉异常，立即返回，登上宫城时，发现胡惟庸家上空尘土飞扬，墙道暗藏士兵。遂大怒，以“枉法诬贤、蠹害政治”等罪名，当天处死胡惟庸等九族，包括开国第一功臣韩国公李善长等大批元勋宿将，皆受株连。洪武十九年，李善长为大兴土木，向信国公汤和借用卫卒三百名。汤和暗中向朱元璋报告。朱元璋颁敕李善长以“元勋国戚，知逆谋不举，狐疑观望怀两端，大逆不道”之罪，其家族的妻妾子孙等七十余人被杀。宋濂的孙子宋慎亦受牵连被杀，宋濂本人贬死四川茅州。与胡惟庸一样，同为明初丞相、人称好好先生的汪广洋，也被朱元璋赐死，他生前曾留下了一首无比伤怀的《过高邮有感》：
去乡已隔十六载，访旧惟存四五人;
万事惊心浑是梦，一时触目总伤神。
行过燬宅寻遗址，泣向东风吊故亲;
惆怅甓湖烟水上，野花汀草为谁新?
……
此案，史称胡惟庸案，与蓝玉案合称“胡蓝之狱”，诛灭直到洪武二十五年方告结束;前后长达十三年之久，牵连致死者三万余人，被发配流放者无数。然而，明史记载中，关于胡惟庸案多有矛盾;仅看胡惟庸邀请皇帝来家中观赏祥瑞一事，就未免过于离奇了些。就连明初的众多史家，也指出并无太监拉缰绳阻止朱元璋进入胡家之事，包括云奇此人，也仅是正史的捏造。
早在洪武十一年三月，为限制相权;朱元璋就下令，凡奏事，不得先报中书省。此前，各地奏章皆为一式两份，皇帝与丞相各一份。紧接着，又令六部奏事不得上报中书省，从而中书省权力大减。然而即使如此，朱元璋还不满意。于是就有了胡惟庸案，裁撤中书省，废除丞相。稍后，朱元璋又宣布，以后嗣君不许议置丞相，大臣如敢奏请者，处以重刑，并立为祖训。从此，皇帝终于大权独揽。秦汉以来实行一千余年的宰相制度，自从明初朱元璋开始，彻底消亡。封建世袭的皇权统治，得到了史无前例的扩张。
胡惟庸案，是彻底的冤案。然而，明初的冤案又何止这一个呢?
